当用人单位扣押员工档案时，法院的判决通常会遵循相关法律法规，以保障劳动者的合法权益。下面我们来详细分析。
首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这意味着，用人单位在与劳动者解除劳动关系后，有义务及时办理档案转移。
如果用人单位违反这一规定，扣押员工档案，员工有权向法院提起诉讼。法院在审理此类案件时，一般会进行全面审查。
从事实认定方面来看，法院会审查双方是否已经解除或终止劳动关系，这是判断用人单位是否应办理档案转移的前提。比如，会查看劳动合同的解除协议、离职证明等文件。同时，法院也会审查用人单位扣押档案的理由是否合理合法。通常情况下，除了法律明确规定的情形外，用人单位没有正当理由扣押档案的行为是不被允许的。
在责任承担方面，如果法院认定用人单位扣押档案的行为违法，会根据具体情况作出相应判决。
一方面，法院会判决用人单位限期为劳动者办理档案转移手续。这是为了让劳动者能够正常就业、享受相关权益，避免因档案问题造成的不便。
另一方面，如果劳动者因用人单位扣押档案的行为遭受了经济损失，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条规定，用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。法院会判决用人单位承担赔偿责任。比如，劳动者因档案未及时转移而无法入职新单位，导致工资收入损失，用人单位需要对这部分损失进行赔偿。
总之，法院在审理用人单位扣押员工档案的案件时，会依据法律规定，保障劳动者的合法权益，确保劳动者的档案能够顺利转移，同时对因扣押档案造成的损失给予合理赔偿。