嘉慶二十五年（1820年）的清朝版圖
征服察哈爾
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主条目：後金征服察哈爾
明代末期，蒙古分裂為數十個部落，其中以察哈爾部最強。察哈爾部的林丹汗繼位後，控制了大漠南北的多個部落，實際上成為蒙古各部的盟主。而與女真人臨近的科爾沁、喀爾喀等部，已時常捲入建州女真與其他各部女真的戰爭。萬曆二十一年（1593年），科爾沁部台吉明安等人與女真葉赫、烏拉、輝發等部聯合入侵建州，被努爾哈赤擊敗。次年，明安遣使與努爾哈赤通好。萬曆四十年（1612年），努爾哈赤娶明安之女為妃。之後，科爾沁、扎魯特等部多次與努爾哈赤家族聯姻。开启了近三百年的满蒙联姻。
萬曆四十四年（1616年）努爾哈赤統一女真各部，建立後金，使蒙古各部感到威脅。於是林丹汗與明朝結盟，联手遏制努尔哈赤的扩张。努爾哈赤则利用各部落、氏族之间的矛盾，采取招撫、利誘、通婚、脅迫等手段，以分化蒙古各部，孤立林丹汗。天命四年（1619年），後金在遼河大敗喀爾喀蒙古軍，俘獲喀爾喀、扎魯特的多位頭領以及明安之子桑噶爾。次年，後金將扎魯特部頭領色本釋放，並讓色本立誓：“若不感恩圖報，殃及臣身。[1]”天命六年（1621年），后金攻克明军驻守的沈阳，进而攻打辽阳。喀爾喀部乘機偷襲沈陽，試圖營救被俘的齋桑諾顏，但被後金擊敗。於是喀爾喀部以人質、牲畜贖回齋桑。不久，喀爾喀部台吉古爾布什、莽古勒等率六百户投奔後金，努爾哈赤將其女松古图嫁予古爾布什。此後，对林丹汗心懷不滿的一部分喀爾喀、扎魯特台吉投靠努爾哈赤。天命九年（1624年），科爾沁部首领奥巴向努爾哈赤稱臣，首先歸附後金。次年，林丹汗發兵討伐科爾沁部，努爾哈赤命莽古爾泰、皇太極等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年），後金征巴林部、扎魯特部，掠其人口、牲畜而歸。
天聰元年（1627年），柰曼、敖漢二部歸附後金。次年，喀喇沁部歸附，皇太極發兵征察哈爾。之後，扎魯特部歸附後金。天聰四年（1630年），四子部落、阿嚕科爾沁部歸附。天聰六年（1632年），翁牛特部歸附。四月，皇太極再征察哈爾，令喀喇沁、扎魯特、敖漢、柰曼、翁牛特、巴林、科爾沁等部前來會師。但蒙古各部多不願與察哈爾交戰，兵馬“多寡不齊，遲速亦異”，有的“僅以一旅從征”[1]。五月，後金進軍至歸化城，林丹汗南渡黃河，逃往鄂爾多斯。後金俘獲察哈爾數千人。次年，茂明安部、烏喇特部歸附。天聰八年（1634年），林丹汗病死于大草灘，察哈爾、克什克騰部眾相繼歸降。次年（1635年）四月，林丹汗之子額哲出降，獻元代傳國璽“制誥之寳”，察哈爾部滅亡，改置八旗察哈爾。鄂爾多斯部、歸化城土默特一並歸降。对于归附的漠南蒙古诸部，皇太极以建旗、划界等措施进行管理。至顺治时，蒙古诸部已编为旗，牧地边界固定。为防止蒙古诸旗联合，禁止越界互相往来。
天聰十年（1636年）四月，漠南蒙古各部王公台吉來盛京朝覲，奉皇太極為「博格达汗」。皇太極改國號為大清，改元崇德。置蒙古衙门統管蒙古事務，並派員前往歸附的蒙古各部“查戶口、編牛錄、會外藩、審罪犯、頒法律、禁姦盜”[5]。但也規定「假如〔清〕王朝垮台，所有之前存在的法令將再次生效。」[6]。
經略漠北、青海蒙古
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出征噶爾丹之役中克魯倫河畔的清兵營帳
天聰九年（1635年）察哈爾部滅亡，漠北、青海蒙古各部震動。漠北喀爾喀車臣汗碩壘及烏珠穆沁、蘇尼特部落首先遣使入貢。崇德二年（1637年），青海和碩特部首領圖魯拜琥（顧實汗）遣使入貢。三年（1638年），改“蒙古衙門”為理藩院。定土謝圖汗、車臣汗、札薩克圖汗貢物為八匹白馬與一匹白駝。次年，蘇尼特部首領騰機思、阿巴噶部首領多爾濟歸附。
順治九年（1652年），青海顧實汗導達賴喇嘛入覲。順治十二年（1655年），居俄羅斯額濟勒河（伏尔加河）之土爾扈特部首領書庫爾岱青遣使入貢。康熙二十七年（1688年），準噶爾部噶爾丹入侵漠北，喀爾喀三部大敗，土謝圖汗、車臣汗、札薩克圖汗部舉族南遷，歸附清朝，被安置於漠南邊內。二十九年（1690年），噶爾丹領進兵至赤峰。清軍在烏蘭布通將其擊退。噶爾丹退回漠北後，被其侄策妄阿拉布坦拒於科布多。三十年（1691年）五月，土謝圖汗察琿多爾濟、車臣汗烏默克、札薩克圖汗成衮之子策旺札布、哲布尊丹巴呼圖克圖等赴多倫諾爾朝覲康熙皇帝，史称多伦诺尔会盟。康熙皇帝封策旺札布為札薩克圖汗。次年，理藩院將漠北喀爾喀三部編旗，授札薩克璽印。三十五年（1696年），清軍三路出擊噶爾丹，康熙皇帝親率中路軍進至克魯倫河。噶爾丹西退，在昭莫多被西路清軍擊潰。三十六年（1697年），漠北平定，喀爾喀三部遷回故地遊牧。
平定準噶爾
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清軍進駐伊犁
主条目：準噶爾之役
康熙五十五年（1716年），準噶爾汗策妄阿拉布坦派大策零敦多布領兵入西藏，次年攻佔拉薩，殺死和碩特部拉藏汗。五十九年（1720年），清軍將準噶爾軍逐出西藏。雍正元年（1723年），青海和碩特部親王羅卜藏丹津自號“達賴琿台吉”，舉兵反清。次年（1724年），清軍平定叛亂，將青海蒙古各部編為二十九旗，授以札薩克，不久設置西寧辦事大臣管理青海。雍正九年（1731年），準噶爾汗噶爾丹策零偷襲科布多，在和通泊之战中大敗清軍，並進東至喀爾喀。十年（1732年），噶爾丹策零在光顯寺之戰中被清額駙策淩擊敗，退回準噶爾。
乾隆十年（1745年），噶爾丹策零死，諸子爭立，準噶爾陷入內亂。十八年（1753年），原臣屬於準噶爾的杜爾伯特部 (綽羅斯氏)台吉車淩、車淩烏巴什、車淩蒙克率部歸附清朝。次年（1754年），清軍收撫阿爾泰烏梁海。同時，輝特部台吉阿睦爾撒納被準噶爾汗達瓦齊擊敗，率部投奔清朝。乾隆皇帝認為消滅準噶爾時機已到。二十年（1755年），清軍分两路出征準噶爾，進佔伊犁，俘獲達瓦齊，準噶爾汗國滅亡。不久，定邊左副將軍阿睦爾撒納發動叛亂，伊犁失陷，定北將軍班第自盡。二十一年（1756年），乾隆皇帝再度调集大軍平叛，收復伊犁。二十三年（1758年），阿睦爾撒納逃奔俄羅斯，不久染天花病死。次年，清軍剿除了阿睦爾撒納殘部及“瑪哈沁”，天山北路底定。
乾隆三十六年（1771年），土爾扈特汗渥巴錫由俄羅斯遷徙至伊犁，叩關內附。清廷以其部眾為舊土爾扈特四路；以叛逃復歸的土爾扈特台吉舍稜所屬部眾為新土爾扈特部。